Nhật Bản được chia thành khu vực theo nhiều cách khác nhau, theo đơn vị hành chính hoặc theo tính chất lịch sử. Đối với bóng đá, họ được chia thành chín khu vực.Nhà vô địch của tất cả các khu vực sẽ tham dự Vòng chung kết Giải bóng đá các khu vực toàn Nhật Bản vào cuối năm. Đội á quân cũng có thể tham dự tùy theo yêu cầu của Liên đoàn bóng đá Nhật Bản.

Các câu lạc bộ của các giải khu vực cũng được tham dự Giải bóng đá vô địch toàn Nhật Bản, một giải đấu cúp. Đội vô địch sẽ kiếm một xuất tại Vòng chung kết các khu vực toàn Nhật Bản, đội á quân cũng có cơ hội nếu còn dư suất và đáp ứng yêu cầu của JFA.

Các câu lạc bộ của các giải khu vực phải giành chiến thắng ở vòng loại tỉnh của họ thì mới giành được quyền đá tại Cúp Hoàng đế.

Một hạng đấu hiếm khi có 10 đội, mùa giải thì cũng diễn ra nhanh chóng kỳ và thường thì diễn ra vào kỳ nghỉ hè.

Trong những câu lạc bộ bóng đá Nhật Bản đang tồn tại chỉ có 9 câu lạc bộ là chưa từng thi đấu tại giải các khu vực. Đó là:

• Những thành viên sáng lập Japan Soccer League: Urawa Red Diamonds, JEF United Chiba, Kashiwa Reysol, Cerezo Osaka, Sanfrecce Hiroshima (liệt kê dưới tên hiệ tại, tất cả đều là các câu lạc bộ cũ năm 1965);
• Câu lạc bộ độc lập Shimizu S-Pulse, thành lập chuyên nghiệp cùng với sự ra đời của J. League năm 1992;
• Sagan Tosu đội sáp nhập với Tosu Futures tại JFL cũ năm 1997;
• Yokohama FC đội được cấp phép đá thẳng Japan Football League năm 1999 sau khi thành lập;
• Kataller Toyama thành lập năm 2008 là kết quả của việc hợp nhất hai câu lạc bộ JFL ALO's Hokuriku và YKK AP.